三格化糞池由相聯的三個池子組成，中間由過糞管聯通，主要是利用厭氧發酵、中層過糞和寄生蟲卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，糞便在池內經過 30天以上的發酵分解，中層糞液依次由1池流至3池，以達到沉淀或殺滅糞便中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的，第3池糞液成為優質化肥。
新鮮糞便由進糞口進入第一池，池內糞便開始發酵分解、因比重不同糞液可自然分為三層，上層為糊狀糞皮，下層為塊狀或顆狀糞渣，中層為比較澄清的糞液。在上層糞皮和下層糞渣中含細菌和寄生蟲卵最多，中層含蟲卵最少，初步發酵的中層糞液經過糞管溢流至第二池，而將大部分未經充分發酵的糞皮和糞渣阻留在第一池內繼續發酵。流入第二池的糞液進一步發酵分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液得到進一步無害化，產生的糞皮和糞厚度比第一池顯著減少。流人第三他的糞液一般已經腐熟，其中病菌和寄生蟲卵已基本殺滅。第三池功能主要起儲存已基本無害化的糞液作用。
三格化糞池廁所的地下部分結構由便器、進糞管、過糞管、三格化糞池、蓋板五部分組成。便器:由工廠加工生產或白行預制，便器采用直通式，與進糞管聯接，也可使用水封式便器，不再安裝近糞管。
化糞池是一種利用沉淀和厭氧?發酵的原理，去除生活污水中懸浮性有機物的處理設施，屬于初級的過渡性生活處理構筑物。生活污水中含有大量糞便、紙屑、病原蟲，懸浮物固體濃度為100~350mg/L，有機物濃度BOD5?在100~400mg/L之間，其中懸浮性的有機物濃度BOD5為50~200mg/L。污水進入化糞池經過12~24h的沉淀，可去除50%~60%的懸浮物。沉淀下來的污泥經過3個月以上的厭氧消化，使污泥中的有機物分解成穩定的無機物，易腐敗的生污泥轉化為穩定的熟污泥，改變了污泥的結構，降低了污泥的含水率。定期將污泥清掏外運，填埋或用作肥料。